Al jaren voeren sommige eigenaars van tweede verblijven een strijd met sommige kustgemeenten omdat zij menen dat de belasting op tweede verblijven hen discrimineert. Hoewel de Gemeente Koksijde in eerste aanleg nog gelijk kreeg, oordeelde het Gentse Hof van Beroep op 13 oktober 2020 dat het huidige belastingreglement van de Gemeente Koksijde wel degelijk strijdig is met het gelijkheidsbeginsel. Het reglement kan dus niet worden toegepast. Dat betekent echter niet dat iedereen die de belasting betaalde, ook zomaar zijn geld terugkrijgt. Enkel wie tijdig bezwaar aantekent, kan ontsnappen aan de belasting. Wie door de Gemeente de belasting aangerekend krijgt, heeft er dus alle belang bij om een goed gemotiveerd bezwaar en/of beroep aan te tekenen.
Het discriminatoir karakter van de tweedeverblijfsbelasting situeert zich in het bijzonder bij gemeenten die aan hun eigen inwoners een zeer goedgunstig fiscaal statuut aanbieden door geen opcentiemen te heffen op de personenbelasting. Het gaat daarbij om de gemeenten Koksijde en Knokke-Heist, die ieder 0% gemeentebelasting aanrekenen op de personenbelasting van hun inwoners maar wel hun uitgaven aan hun tweede verblijvers proberen door te rekenen.